Депортация являлась частью политики депортации народов СССР. Не известные ранее архивные документы, только сейчас обнародованные цифры и факты проясняют аргументацию, которой пользовался Генералиссимус для оправдания своего жестокого решения. Депортация и отправка эшелонов в пункты назначения началась 23 февраля 1944 года в 2:00 по местному времени и завершилась 9 марта того же года. Депортация проводилась вооружённым способом и преимущественно насильственными методами.  В труднодоступной местности, откуда депортировавшим    представлялось  проблематичным  провести  депортацию, имели место случаи  уничтожения целых аулов, — среди стёртых с лица земли вместе с жителями — высокогорные аулы  Хайбах, Зумсой и Таргим (впоследствии советская власть вплоть до начала 1990-х годов  отрицала не только описываемые преступления, но и факт существования  населённых  пунктов  на месте перечисленных топонимов).

Было отправлено 180 эшелонов, состоявших из товарных вагонов, последним был отправлен эшелон из пассажирских вагонов с бывшими руководящими работниками и религиозными лидерами Чечено-Ингушетии, которые использовались при операции. Некоторые горцы оставались в республике ещё более года после завершения депортации, так как использовались властью для поиска уклонившихся.

Отмечен ряд случаев, когда чеченцы, освобождённые от депортации за заслуги перед страной, отправлялись в неё добровольно. Так поступили, например, ставший впоследствии Народным артистом СССР и Героем Социалистического Труда Махмуд  Эсамбаев, ставший позже Заслуженным врачом РСФСР  Шахаб  Эпендиев, видный общественный и политический деятель  Муслим  Гайрбеков, впоследствии  один из руководителей восстановленной Чечено-Ингушетии.

Депортация чеченцев и ингушей стала крупнейшей операцией СССР по этнической депортации. В ходе выселения и первые годы после него погибло около 100 тысяч чеченцев и 23 тысячи ингушей, то есть приблизительно каждый четвёртый из обоих народов. Непосредственно участвовали в осуществлении депортации 100 тысяч военнослужащих, ещё приблизительно столько же были приведены в боевую готовность в соседних регионах. Чечено-Ингушская АССР была упразднена, а на её территории создана Грозненская область. Часть бывших районов республики вошла в состав Северной Осетии, Дагестана и Грузии. Проживавшие в Грузинской ССР кистинцы и бацбийцы, этнически близкие к чеченцам и ингушам, депортации не подвергались.

В качестве причин депортации официально назывались массовое сотрудничество с оккупантами, антисоветская деятельность и бандитизм. Однако вайнахи физически не могли сотрудничать с оккупантами ввиду отсутствия оккупации. Вермахт смог захватить лишь незначительную часть Малгобекского района и довольно скоро был выбит оттуда. Масштабы антисоветской деятельности и бандитизма в республике также не превышали аналогичных показателей в соседних регионах.

Официальные данные были сфальсифицированы для оправдания действий власти. Реальные причины депортации не установлены до сих пор. Депортация народов, ликвидация их государственности и изменение границ были незаконными, поскольку не предусматривались никакими законными или подзаконными актами.

После депортации коренного населения были предприняты усилия по уничтожению следов его пребывания на этой территории: населённым пунктам присваивались русские и осетинские названия, осквернялись и разграблялись мечети и кладбища, надгробные камни использовались для строительных и дорожных работ, жглись книги на чеченском и ингушском языках, из уцелевших удалялись упоминания о вайнахах, из музейных коллекций удалялись «неполиткорректные» экспонаты, уничтожались и расхищались рукописные книги и библиотеки, золотые и серебряные украшения, оружие, ковры, утварь, мебель и т. д.

Указами Президиумов Верховных Советов СССР и РСФСР 9 января 1957 года Чечено-Ингушская АССР была восстановлена, однако при этом её границы были изменены. Верховный Совет СССР утвердил указ своего Президиума и вернул в Конституцию СССР упоминание об автономии. Чеченцам и ингушам было разрешено вернуться на родину.